Сюжет флеш игры Плюшевые ниндзя начинается с известия, что сбежали пленники медвежат-ниндзя, страшные монстры, и теперь людям грозит большая опасность. Однозначно, надо ее ликвидировать.

Медвежата действуют по очереди. У каждого героя на каждом уровне доступно свое оружие – например, сюрикены, шаровые молнии, антигравитационная пушка и т. д. Задача медвежат - уничтожать монстров, применяя смекалку, а не просто тупо паля во всех подряд. Каждый уровень становится головоломкой, в которой нужно учитывать законы физики, механики и баллистики.